
ЦРУ потеряли след Джейсона Борна в Москве шесть недель назад. Между тем Аарона Кросса назначают агентом в Министерстве обороны, чтобы следить за работой тайной программы, Аутком. Эта программа заключается в том, что испытуемым дают таблетки, которые во много раз повышают физические (зеленые пилюли) и умственные (синие пилюли) способности. Аарон отправляется в Аляску для учений, где должен выживать в жесточайших условиях. Когда Аарон достигает цели, выясняется, что он пришел на два дня раньше положенного срока. Марк Турсо, отставной полковник ВМС США, обнаруживает скандальное видео об Ауткоме, сделанное с участием Джейсона Борна. Чтобы предотвратить расследование в отношении Ауткома, Байер принимает решение уничтожить всех, кто связан с этой программой. Таким образом, считает он, удастся бету-версию проекта. Байер посылает на Аляску беспилотник уничтожить Аарона. Аарон, разгадав замыслы полковника, вырезает имплантированный в бедро маячок, ловит волка и насильно скармливает ему идентификатор. Беспилотник уничтожает волка, и Байер почитает Аарона убитым. Между тем умирают все агенты, которым дали отравленные таблетки. Ученые, которые присутствовали на видео из интернета, и их коллеги тоже погибают один за другим. Единственной выжившей оказывается биохимик Марта Шеринг. Когда люди Байера приходят в загородный дом Марты, чтобы убить ее, они натыкаются на Аарона. Тот спасает Марте жизнь, поскольку таблетки все еще действуют. Марта заявляет, что зеленые пилюли Аарону больше не нужны, поскольку их эффект зафиксирован особым ретро-вирусом. Однако ему по-прежнему нужны синие, чтобы поддерживать мозг в тонусе, иначе над ним висит опасность деградации. Аарон открывает Марте, что прежде он служил под именем Дж. Китсона и, согласно бумагам, был убит взрывом бомбы. Рекрутер добавил к его IQ 12 баллов, чтобы тот мог пройти порог. Аарон считает, что не имеет никаких шансов на выживание, но все же едет с Мартой на Филиппины, чтобы заразиться другим вирусом, который зафиксирует действие синих таблеток.