
В 1957 году, выполняющим секретное задание советским военнослужащим удается выкрасть исследователя Индиана Джонса, прямо во время его и археологической экспедиции по Мексике. Попав в плен и оказавшись в багажнике своего собственного автомобиля, Джонс через какое-то время выясняет, что его, вместе с его напарником, привезли в какой-то заброшенный склад. Не понимая, что происходит он, сталкивается со странной на первый взгляд женщиной и доктором наук по совместительству - Ириной Спалько, которая и рассказывает ему о цели его похищения. Оказывается, Ирине просто необходима помощь Джонса в поисках контейнера с останками мумии, контейнера изучением которого занимался Джонс десять лет назад. Благодаря своим феноменальным знаниям и находчивости, Джонс с легкостью отыскивает нужный им контейнер, но он не намерен так просто его отдавать. К сожалению, его гениальный план рушится в тот миг, когда он понимает что его напарник, с которым он был сюда доставлен, на самом деле давно его уже предал, соблазнившись на денежное вознаграждение и именно поэтому, Джонсу не остается ничего другого как скрыться от преследования. Сбежав от преследующих его солдат, профессор Джонс выясняет, что все-таки ему придется взяться за это дело, так как в руках военных оказывается его возлюбленная Мэрион. Начав выяснять, что же такого важного в этой мумии, за которой так охотятся как КГБ, так и ФБР, ему становится известно о неком артефакте - хрустальном черепе, само существование которого длительное время считалось мифом и легендой. Узнав, что следы черепа ведут в потерянный город Акатор, более известный как Эльдорадо, Джонс решает отправиться в очередное свое приключение, взяв с собой за компанию напарника, который даже не подозревает, что отправляется в путешествие со своим отцом.